Bonjour à tous et bienvenue sur face à passe, la chaîne de
podcast qui vous aide à réussir vos études de santé.
Aujourd'hui on se retrouve pour un petit cours de biochimie sur
les acides aminés et c'est parti.
Alors dans le 2e épisode de passe à passe, on avait parlé
des acides nucléiques et là on va parler des acides aminés.
Alors en rappel, la biochimie c'est donc la chimie de la
biologie, la chimie du vivant. Pour faire simple, c'est un peu
comme le dessin animé Avatar, il y a 4 grandes familles, sauf que
là c'est pas la terre, l'eau, le feu et c'est quoi le dernier
l'air du coup, mais c'est. Les glucides, les lipides, les
protéines et les acides nucléiques.
Et au fait, pour ces 4 grandes familles, ce qui va changer
c'est l'unité élémentaire qui la constitue.
Donc un petit peu comme l'exemple qu'on avait donné dans
le premier cours. Les igloos, les maisons de
Brick, les maisons de bois et les maisons en verre, elles sont
différentes par nature parce que la nature de l'unité
constitutive de ces bâtiments est différent.
Vous pouvez pas avoir un bâtiment en brique si vous
additionnez plusieurs blocs de classe et vous pouvez pas tomber
sur un igloo si vous additionnez plusieurs blocs de verre ou
plusieurs bouts de bois. Donc l'unité élémentaire, c'est
ce qu'on appelle le mono-mère. Va.
Constituer le polymère, qu'on appellera donc protéine, qu'on
appellera donc acide nucléique et cetera, et cetera.
Donc dans l'épisode 2, on avait parlé des acides nucléiques, qui
sont donc les constitutifs, pardon, n'importe quoi, qui sont
donc constitués de nucléotides, donc acide nucléique, c'est la
baraque. Nucléotide, c'est la brique
élémentaire, et là aujourd'hui, on va parler des acides aminés,
la brique qui constitue la baraque protéine, on y va donc
les. Unité constitutive des
protéines, ce sont des acides aminés fine, qu'est ce que c'est
qu'un acide aminé ? Bon j'ai envie de dire la
réponse est dans le nom on a vraiment pas cherché. 12h00
14h01, acide aminé, c'est une molécule qui a une fonction
acide et qui est aminé donc qui a une fonction Amine, voilà
abonnez vous. Enfin franchement, des fois les
noms sont bêtes et méchants mais c'est pas plus mal parce que ça
permet de les comprendre plus facilement.
Donc une molécule acide aminé Ben c'est une molécule qui a une
fonction acide et qui a une fonction Amine.
Et en réalité, c'est pas plus compliqué que ça hein.
Si vous décidez de regarder acide aminé sur Internet, vous
allez tomber sur cette structure un peu classique, vous allez
avoir au milieu un carbone. C'est un peu logique que ce soit
le carbone qui soit le centre de tout parce qu'on est en
organique et en rappel en chimie organique, c'est la chimie du.
Enfin la chimie organique c'est la chimie du carbone,
contrairement à la chimie inorganique où on va parler
plutôt des ions métalliques par exemple, et donc quand on parle
d'un acide aminé, c'est une molécule qui a quasiment
toujours enfin qui a le même schéma classique et qui a des
différences en fonction de quel acide aminé je parle, c'est un
carbone central. OK Fine, on est en organique,
qu'est ce qui va porter ce carbone ?
Ben la réponse est dans le non acide aminé, il va porter d'un
côté une fonction acide, donc portée par le groupement
carboxylique, comment dire par le groupement COH qui va
conférer la fonction acide carboxylique, donc directement
liée à carbone doublisant ou d'un côté liés en Oh de l'autre
OK super, c'est un acide carboxylique tout ce qu'il y a
de plus, tout ce qu'il y a de plus classique, tout ce qu'il y
a de plus normal. Et qu'est ce qui va porter cet
atome de carbone centrale ? Donc d'un côté le COHOK find by
me. Et de l'autre côté il va porter
Ben la fonction Amine, donc NH 2 c'est une Amine primaire,
pourquoi Amine primaire, parce que l'atome d'azote est lié avec
un seul atome de carbone donc Ben je suis assez condent hein,
j'ai mon carbone central parce qu'on est en organique, j'ai mon
COOH donc j'ai mon acide et j'ai mon NH 2 donc j'ai mon Amine,
elle est pas belle la vie Michel ?
Enfin franchement, que demande le peuple ?
Donc j'ai mon acide, j'ai mon Amine maintenant vous vous
doutez bien qu'on peut pas arrêter là.
Pourquoi ? Parce que cet atome de carbone,
il fidélise en simple, je vous le donne dans le 1000, c'est un
atome de carbone Hybridé SP 3. Donc tétravalant donc les
comptes sont pas dans Kevin il me non c'est pas les comptes
qu'est ce qu'elle disait les autres les calculs sont pas bon
Kevin. Donc en fait il faut rajouter 2
liaisons et donc ces 2 liaisons, qui va rester pour cet atome de
carbone central ? Et Ben c'est une liaison avec le
truc bateau de chez bateau, un hydrogène voilà le truc pas du
tout sexy. Mais ce qui m'intéresse c'est
c'est ce qui va être lié par sa 4e liaison Covalente, il va être
lié. Et fait qu'il y a quelque chose.
Et c'est ce quelque chose qui va changer parce que je vous le
donne dans le 1000, puisqu'on parle d'un acide aminé, c'est la
brique constitutive des protéines.
Il faut pas que l'acide aminé ce soit une structure qui soit
toujours la même puisqu'au bout d'un moment la vie serait quand
même un peu chiante, ce qui permet d'expliquer qu'on soit
vivant, ce qui permet d'expliquer la diversité du
vivant. Ben c'est le fait
essentiellement qu'il y a beaucoup de protéines, c'est le
fait qu'il y ait pardon, beaucoup de protéines.
Et ces protéines varient alors par leur taille, par leur
structure, par leur repliement, leur configuration, leur
localisation, et cetera bien sûr, mais aussi par leur
séquence. Si jamais j'ai un acide aminé
aminé +1 acide aminé +1 acide aminé et que c'est toujours le
même acide aminé. Ah qui en m'énerve enfin je veux
dire YAYAYAYA rien de spécial donc au fait, tout ce qui peut
faire en sorte qu'une protéine va différer d'une autre, c'est
la taille et autant vous dire que c'est pas le cas.
Donc j'ai plusieurs types d'acides aminés différents, ce
qui fait que c'est toujours la même brique constitutive mais
qui n'a pas la même couleur. Ce qui fait que si moi je
construis mon bâtiment protéine que je vais appeler insuline, Eh
Ben je ne vais pas utiliser forcément ni le même nombre de
briques ni les mêmes couleurs de briques que le voisin qui a
décidé de construire son immeuble glucagan ou que l'autre
voisin qui a décidé de construire son immeuble
somatotropine. Ou TSH, ou et cetera, et cetera.
Donc ce qui fait que les protéines sont différentes,
c'est à la fois leur taille à la valeur forme, leur repliement,
leur structure, leur localisation, mais aussi tout
simplement leur séquence d'acide aminé, et donc les unités
élémentaires sans ces acides aminés ou AA hein si vous avez
la flemme de toujours écrire acides aminés, mais il faut
comprendre qu'il y a plusieurs acides aminés, est ce que vous
vous rappelez de la diversité des nucléotides ?
Vous avez la brique élémentaire qui permet de constituer
l'immeuble acide nucléique, donc là on est dans une autre
famille. Ben là diversité c'était que
j'avais toujours des nucléotides, les nucléotides
c'était quoi ? C'était base plus phosphate,
plus ribose, plus phosphate. Bon le phosphate il va pas
changer du jour au lendemain, le ribose il peut être oxy ou
désoxy OK ce qui fait que j'ai de l'a.
RN ou de l'a DN oxi, il est ARN désoxy, il est ADN et donc ce
qui change en vérité c'est la le premier composant, c'est à dire
la base puisque c'est base plus sucre plus phosphate.
Le sucre oribeau c'est pareil parce que le ribose est un
sucre, donc en fait c'est la diversité des bases qui permet.
D'avoir la diversité des nucléotides ici et j'ai quoi
comme base ATGC ? Ou à UGC pour l'a RN donc en
gros allez, j'ai 4 lettres de mon alphabet et je suis censé
pouvoir m'exprimer dans toute la diversité de l'adén ou de l'a.
RN avec 4 lettres. Bon, c'est comme si on doit
parler en langage où il y a que 4 lettres.
On peut faire beaucoup de choses.
Mais il va juste falloir faire peut être des messages un peu
plus lents. Quand on parle des acides aminés
ou on respire un peu plus, on a un vocabulaire un peu plus
étendu, on n'a pas simplement 4 nucléotides différents.
Enfin quand je dis 4 pour l'a., DN 4 pour l'a.
RN 4. Mais en tout ça fait 5 parce que
il y a le t et le U. Diminuera t il ?
Et en gros là quand on parle des acides aminés, on respire un peu
plus. Pourquoi ?
Parce que il y a 20 acides aminés qui rentrent dans la
Constitution des protéines. Alors je fais la précision tout
de suite, en fonction des facs, en fonction du niveau de détail
qu'il y a dans votre cours, on peut vous dire 20 acides aminés,
on peut vous dire 21 et on peut même éventuellement vous dire
22. Allez spoil, c'est quoi le 21e
et le 22e dont on parle des fois et dont on ne parle pas,
d'autrefois, ces 2 acides aminés qu'on appelle la celénocystéine
et la pyrolyzine. Comment dire ça poliment ?
On va dire qu'on s'en branle un peu, parce que dans la quasi
totalité des exercices que vous avez en biochimie, c'est soit
des questions de par cœur où il va falloir cracher votre
biologie, comment dire votre biologie moléculaire, ou votre
enzyme, ou votre métabo, et cetera, ou c'est des analyses de
documents avec des vraies protéines, et généralement les
protéines qu'on étudie n'ont jamais ou quasiment jamais.
Enfin j'en ai jamais vu en 6 ans de Pharma, de Cellulocystéine ou
de Pyrolyzine. Donc oui, on peut dire 22, on
peut dire 21, mais bon, on va rester.
Let's Stay here, Let's Stay Real for a minute.
On va rester sur les 20 acides aminés.
Donc j'ai un vocabulaire quand on parle protéine de 20, comment
dire de 20 lettres différentes, contrairement à 4 lettres
différentes quand j'étais simplement à DNARN, donc acide
nucléique, et donc là dans ce cours on va tout simplement
parler de qu'est ce qui fait la différence entre ces 20 acides
aminés et quelles sont ces différences ?
Bah si vous avez suivi ce que j'avais dit au début du cours,
la différence pour vous, elle doit être assez claire.
L'acide aminé, c'est un carbone central qui est relié avec un
groupement COH pour la fonction acide hier.
Un groupement NH 2 pour la fonction Amine oui +1 hydrogène
parce que on s'en fout, OK ? Et c'est dans cette dernière
liaison covalente réalisée par cet atome de carbone central que
va tenir cette diversité. Parce que tenez-vous bien, le
dernier groupement qui est relié au carbone central, c'est
roulement tambour, j'ai j'ai pas de tambour.
Donc en fait avec les bruits du bord, c'est le radical qui est
variable en fonction de l'acide aminé.
Alors on peut parler de radical, on peut parler de chaîne
latérale, on peut écrire la petite lettre R, enfin le R
majuscule, et on peut parler de résidus, que ce soit résidu ou
chaîne, latérale ou radicale ou radicale.
R, enfin bon. Bref, on parle toujours de la
même merde, c'est à dire le 4e groupement qui est rattaché à
cet atome de carbone. Et donc vous doutez bien que si
la diversité au niveau des acides nucléiques vient de la
diversité des nucléotides, et elle vient de la diversité des
bases azotées, bah là, la diversité au niveau des
protéines provient essentiellement de la diversité
des acides aminés, et la diversité des acides aminés
provient de la diversité des radicaux.
Parce que j'ai toujours 1COH d'un côté, 1NH 2 de l'autre, et
un pauvre atome d'hydrogène du 3e côté.
Donc au fait, c'est ça qui change, et c'est ça qui fait que
mes briques, même si elles sont de la même nature, c'est toutes
des acides aminés. Je n'ai pas toujours les mêmes
briques les unes avec les autres.
On est tous des êtres humains, mais on est tous différents.
Ça, c'est vraiment la le genre de phrase classique sur la SVT.
Ouais, nous sommes tous communs, mais nous sommes tous
différents, acceptant nos différences.
Bon, bref, ce genre de trucs. Anyway.
Donc qu'est-ce qui fait maintenant cette liste de 20
acides aminés ? Alors on va le faire maintenant,
parce que on sera obligé de le faire à un moment ou un autre.
Voici les 20 acides aminés qui constituent les protéines en a,
glycine, alanine, valine, leucine, isolocine, méthionine,
proline, féline, pardon, phénylalanine, tryptophane,
sérine, tréonine, thyrosine, cystéine.
Glutamine asparagine, acide glutamique, acide aspartique,
hicidine, lysine et enfin arginine.
Bon ça fait 20, peut être que vous êtes en train de vous dire
Ah. Là là je vous ai pas.
Pris na na na na, alors on va tout de suite préciser un truc,
j'ai passé je sais pas combien de temps quand j'étais en
première passée, c'est en mode attends, je vais apprendre tous
les acides aminés parce que c'est ça qui est de plus
important. Oui c'est bien de les connaître,
mais si vous êtes dans une fac où la biochimie est comment dire
est testée enfin et et et questionnée le jour de l'examen
sous forme d'analyse de documents pour l'amour du Saint
Seigneur, ne perdez pas tout votre temps à faire un une,
comment dire un apprentissage bête et méchant de vos cours de
biochimie ? Il va falloir appliquer une
méthode. De la matière que vous avez et
surtout en fonction de ce qu'on vous demande, on vous demande
pas d'être des experts dans toute la matière et de tout le
savoir de tout, surtout en l'espace de 3 mois.
On vous demande juste d'avoir une bonne note à l'examen.
La nuance est extrêmement subtile.
Quand on parle de l'Histo-embryo, il y a quand
même de fortes chances que quelle que soit la fac que vous
êtes hein, que ce soit Besançon, Poitiers ou Bordeaux, il y aura
toujours des questions de par cœur concernant les épithéliums,
quels sont là où les propositions exactes concernant
les tissus conjonctifs, quels sont là où les propositions
exactes ? Il y a pas vraiment de réflexion
à voir. Donc oui quand vous me dites je
vais réviser l'histoire embryo et je vais la prendre, oui vas
y. C'est exactement ce qu'il faut
faire. Par contre si vous me dites
Ouais je vais réviser physique alors je suis sur mon lit, je
m'allonge et puis je je révise ma mécanique des fluides voilà
ha ha ha bisous non ça c'est une connerie et je peux vous dire
que c'est une connerie parce que j'ai fait cette bêtise quand
j'étais en première paces, je me je me disais qu'il fallait
apprendre tout. Non, il y a certaines matières
où il faut évidemment mettre l'accent sur l'apprentissage, il
faut l'apprendre, voilà c'est histoire géo, ça sert à rien de
dire Ouais j'ai compris les dates, bah non il faut les
connaître, il faut les apprendre si tu as juste compris mais que
tu es pas foutu de restituer quelque chose à l'oral ou à
l'écrippe ça sert presque, ça sert quasiment à rien.
Donc là vous êtes en train de passer un concours, y a des
matières où il va falloir porter l'accent sur l'apprentissage,
tout ce qui est histo, embryo et d'autres matières de par cœur
par exemple. Anatomie, ouais, anatomie c'est
une matière de par cœur, bien sûr qu'il faut la comprendre
pour mieux l'apprendre, mais à la fin de la journée il faut
l'avoir dans la tête. L'i CM, pareil initiation à la
connaissance du médicament, c'est bien sûr qu'il faut avoir
une compréhension pour ne pas prendre de façon bête et
méchante, même quand la matière c'est du par cœur pur.
N'apprenez pas ça comme si vous apprenez l'annuaire des pages
jaunes, comprenez avant d'apprendre mais.
Ça reste quand même une matière d'apprentissage, par contre, la
chimie, la biochimie, la physique, la biophysique, les
biostatistiques. Voilà, si vous êtes en train de
me dire je suis en train d'apprendre mes cours de
biostate, bah non en fait vous apprenez pas vos maths quand
vous étiez en terminale vous faisiez des exercices, donc là
pourquoi vous allez changer de truc si c'est une matière de
calcul ? Et Ben faites des calculs, si
c'est une matière de Parker, Eh Ben faites du par cœur, c'est
une matière qui mélange par cœur et réflexion.
Eh bien mélanger par cœur réflexion, mais pour l'amour de
mais pour l'amour du ciel, pardon, ne vous amusez pas à
passer 2 mois. À faire vos vos, les acides
aminés, comme si c'était le bout du monde, y en a 20Y en a 20,
c'est vraiment pas le bout du monde.
Quand vous êtes rentrés pour la première fois dans votre classe,
quand vous étiez en 2nde ou en première ou en terminale, vous
êtes peut-être avec des gens que vous ne connaissez pas, vous
êtes dans une classe de 20, peut-être de 25, de 30, vous
êtes pas dit Je vais rentrer à la maison et puis je vais faire
des petites fiches pour apprendre mes 20 camarades parce
qu'il faut que je les connaisse par cœur.
Oh là là, quand vous êtes en train de regarder une série,
vous êtes pas en train de tenir un petit carnet pour dire c'est
quoi Ross et qui Rachel, c'est quoi comment qui s'appelle les
autres, la Phoebe et compagnie, vous Regardez et puis à force de
regarder, vous dites Ah d'accord, donc c'est lui
Chandler, puis à son âme, Ah c'est lui.
C'est c'est elfibee, c'est El Monica, donc au fait c'est
l'apprenti, comment dire, c'est le fait de vous exercer qui va
faire que vous vous en rappelez, et donc après à force de le voir
vous allez dire Eh quand même hein, la série Treonine
Tyrosine, je les vois toujours un peu pareil.
Ah bah oui, parce qu'elles ont 1OH au niveau de leur chaîne
radicale. Ah alanine valine isolucine
isoleucine elle pue un peu la merde ouais elles sont
apolaires, on les voit toujours un peu ensemble à l'assistine
elle fait des bandits sulfur ouais ça j'étais sûr, je la vois
tout le temps. Ah istidine lisine arginine elle
s'en chargeait plus. Bah Ouais je la vois souvent
donc je n'aime pas vous dire faites les annales de façon bête
et méchante en mode ne faites pas le cours, bien sûr qu'il
faut faire le cours, mais ne vous enfermez pas dans le cours.
En vous disant il faut juste l'avoir appris et si vous avez
appris votre cours sur le bout des doigts, roule ma poule,
faites des exercices et je vous promets ne faites pas mon erreur
parce que moi j'étais en train de m'enfermer dans la Chambre en
mode alors je vais apprendre ma chimie, je vais apprendre la
physique et ça va être trop bien.
Ouais c'est génial. Et puis quand j'ai essayé de
faire pour une fois un exercice en chimie ou en physique, on est
arrivé en novembre, j'ai voulu préparer 1ED, j'ai pleuré parce
que j'ai pas réussi à faire un exercice sur les mécaniques des
fluides donc je connais mes formules, je sais c'est quoi
l'effet Venturi, je sais c'est quoi une orbite anatomique
d'accord Props to you ne vous. Enfermez pas ?
Dans de l'apprentissage quand c'est une matière qui va vous
demander de faire de l'analyse de documents et ne vous
contentez pas de juste survoler quand au contraire la matière
vous demande d'apprendre quand il faut apprendre, apprenez je
vous demande pas de vous faire martellante et vous pouvez dire
une première fois le cours puis le lire une 2e fois une 3e fois.
Bon après chacun sa méthode pour apprendre mais ne vous dites pas
que le but des 3 premiers mois c'est d'apprendre les vins c'est
daminé, il y en a 20. D'accord, vous les lisez, vous
vous les lisez, vous les relisez, vous vous pouvez les
noter comme ça sur une feuille il y a pas de problème, ça peut
vous prendre l'après. 12h00, c'est pas la fin du monde mais
ne faites pas votre vie parce que je vois des des trucs sur
insta, sur Twitter machin et tout en mode ouais je m'amuse à
prendre quand j'attends le bus, je suis en train de réviser mes
acides aminés. Oui c'est Sam, je veux dire
c'est c'est c'est, c'est clairement pas la seule chose
qu'il faut faire, il y en a 20, je veux dire c'est c'est pas le
bout du monde non plus, ce qui me permet de faire un dernier
petit, une dernière petite parenthèse avant de continuer
sur les acides aminés parce que ça m'a un peu Trigger.
Du coup j'ai je suis en train de vous balancer quelques petits
trucs perso, enfin quelques trucs on va dire, plus sur la
forme de vos révisions que sur le fond des révisions, la
comparaison avec les autres. Alors pour l'amour du ciel, ne
vous comparez pas de façon maladive, je veux dire avec les
autres, parce que vous ne savez pas ce que les autres font et
surtout surtout, et c'est le plus important.
Les autres ne montrent que ce qu'ils veulent montrer.
Il y a des gens qui font semblant de réviser le bouquin
de la biologie du développement en octobre à la bibliothèque
juste pour vous foutre les chocottes en mode Ah là là
putain il est en avance alors qu'au fait il ne savait même pas
ce que c'était, il était juste en train de dire le truc.
Ou alors il a fait ça d'un point de vue purement malsain pour
m'être sentir, pour faire sentir tout le monde autour de lui mal
donc les trucs de ouais Ha Ha je révise sous la douche je révise
dans mon sommeil lol je me suis réveillé à 04h00 du matin MDR
voilà on sait ce que c'est, on est tous passés enfin moi je
suis passé par là vous vous êtes peut être à l'intérieur de ça ou
vous êtes en train de vous préparer à ça peut être vous
êtes en terminale, peut être vous êtes en première I don't
mais même si on est d'accord, c'est toujours marrant de
pouvoir sortir la carte victime quand on part là je sais pas.
À la à ses parents, à ses amis en mode alors ça va ta passe ?
Ah waouh putain j'ai j'ai fait un truc nucléaire aujourd'hui,
ouais c'est très développé, voilà on peut le dire aux
autres, ça nous permet de nous faire passer pour des martyrs.
Oh là là on est compliqué, c'est c'est compliqué, on est trop
fort, y a pas de problème d'accord mais nous vous enfermez
pas dans un cliché, ne ne ne vivez pas une publi insta ou un
post Twitter comme si c'était votre vivez votre vie donc par
exemple je vais vous donner mon mon mon expérience personnelle,
j'avais un truc qui fait que quand je mange je ne travaille
pas, c'est mort, c'est hors de question, c'est c'est une
convention de Genève que j'ai signée avec moi même.
Quand tu manges, tu ne travailles pas et quand tu
travailles tu ne manges pas. Même quand je suis stressé, même
quand l'examen est à 20 Min même enfin à quelques.
J'ai dû faire peut-être 5 exceptions tout au long de mes
études, mais la règle générale c'est je ne mange pas quand je
travaille. Alors peut-être que vous êtes
parti prendre la pause déjeuner et que vous voyez des gens sur
l'état de la bibliothèque. Oh là là, ils sont en train de
réviser la mécanique des fluides en train de manger leurs pâtes
qu'ils ont réchauffé vite fait dans le four.
Vous êtes pas en train de vous dire qui c'est quoi travaille
tout le temps ? Vous savez pas ce que les gens
font de leur temps libre, vous savez pas ce que la personne a
fait avant, vous savez pas ce que la personne fait après.
Donc on arrête le délire de hein, je plastifie les feuilles,
je les mets dans l'Aude dans la douche et puis je révise aux
toilettes parce que ça me fait chier MDR.
Vous voulez dire ça juste pour entretenir la galerie et pour
faire des blagues ? Y a pas de problème, faites
votre vie mais ne vous amusez pas à vivre un cliché en vous
disant que c'est la norme. C'est des blagues, c'est des
clichés, y en a certains qui ont réussi et qui ont peut être fait
fine, ce n'est pas obligatoire. Donc vous vous en contrefoutez
de ce que font les gens, ce qui me permet de vous donner un 2e
truc, peut être pour vous faire sentir un peu moins, un peu
moins tendu. Sans grande prétention, j'ai
fait des études de Pharma que j'ai quand même assez bien
réussies en étant classé quand même assez bien.
Dans ma promo. Et tout au long des études à
aller on va dire peut être 5 exceptions près, même pas 2 ou
3. Je n'ai jamais pris de notes.
Je pars en cours, je m'assois et j'écoute.
Oh. Là là, mais il faut prendre des
notes, il faut taper sur son. Ordi, non non non non, j'en ai
rien à foutre parce que il y aura toujours un moodle, un
drive 1PDF, une fiche, un machin, une prépa.
Y a y a des y a des y a des supports écrits, les supports
écrits je peux les avoir le support en live du prof qui
m'explique le truc, je peux le réécouter sur le truc de la fac.
Oui mais l'expérience réelle de je suis devant le prof et il est
en train de m'expliquer ça, je ne l'ai qu'une fois dans ma vie.
Donc je me suis amusé à dire pourquoi et je vais je je vais
pas prendre de notes par exemple.
Donc voilà moi je ne mangeais pas quand je travaillais, je ne
prenais pas de notes de façon maladive, j'y allais même des
fois juste avec un sac vide. D'ailleurs à un moment
j'arrêtais de venir avec un sac hein, j'arrêtais de faire
semblant, je venais comme ça avec les mains dans les poches
parce que pourquoi faire semblant ?
Et puis ça faisait chier de devoir prendre un sac à dos qui
était vide pour rien et ça ne m'a pas empêché d'avoir la Paces
et ça m'a pas empêché d'avoir mes mes, mes, mes, mes, mes
Masters, mes trucs, ma pharmacie avec des bons classements avec
des super notes donc chill out. Vous n'avez pas besoin de faire
comme tout le monde, vous avez besoin de faire ce qui marche et
des fois ce qui marche est de faire un truc classique de 08h00
à 18h00, des fois ce qui marche et travailler à la bibliothèque,
des fois ce qui marche et travailler tout seul des fois ce
qui marche c'est de prendre sa feuille dans la main et de faire
des allers-retours dans le couloir de votre immeuble pour
pouvoir apprendre un sans truc. Par exemple, moi j'étais
allergique à la bibliothèque OKYA un truc à la bibliothèque
find by me mais je n'aime pas la bibliothèque moi j'ai envie de
pouvoir parler, j'ai envie de pouvoir prendre 111 cours, de le
prendre dans ma main et de pouvoir marcher, parler, faire
comme si j'expliquais à d'autres personnes.
Bon finalement ça m'a servi parce que là je suis en train de
littéralement faire ce que faire ce que j'étais en train de faire
dans ma tête y a 6 ans, mais en gros dans 6 ans c'est un Ah
putain ça date bon bref mais en gros ne vous amusez pas à faire
des trucs qui ne vous plaisent pas et qui ne marchent pas juste
parce que vous dites que c'est comme ça Et permettez-moi de
finir sur un dernier Conseil, si vous faites des choses dans
votre vie et la seule raison, ni vous êtes obligé, ni ça sert, ni
ça vous est utile, ni quoi que ce soit.
La seule raison, c'est. Comme ça, c'est pas une raison.
Faites quelque chose parce que ça vous est utile.
Faites quelque chose à tout casser parce que vous êtes
obligé de le faire. Faites quelque chose parce qu'il
y a un intérêt, mais faire quelque chose juste parce que
c'est comme ça, c'est pas une raison.
Donc tout ça pour vous dire, ne passez pas 15 ans à faire les
acides aminés. Travaillez intelligemment,
faites-vous confiance lorsque vous savez ce que vous faites et
donnez de votre mieux. On revient donc sur la biochimie
après cette petite parenthèse personnelle et de Oh on va dire
petite parenthèse, motivation boost ce que vous voulez.
Donc nos braves acides aminés vont différer de par leur chaîne
radicale, c'est à dire le 4e groupement qui est rattaché au
carbone du milieu. Et là avant de vous dire c'est
quoi le groupement, bah on est d'accord que si le groupement
c'est ni h ni COH, ni NH 2, ça veut dire quoi ?
Bah ça veut dire que le 4e groupement est différent des 3
autres. Comment appelle t on un atome de
carbone Tétravalant qui est relié à quadroupement qui sont
chacun différents ? Coucou la stéréochimie, on
appelle ça un carbone asymétrique.
Qui dit carbone asymétrique dit configuration absolue R ou S et
dit configuration relative, donc la série L ou la série D et donc
au fait ce carbonate symétrique va venir conférer un pouvoir de
comment dire de de déviation de la lumière, donc un pouvoir
rotatoire pour cet acide aminé et donc cet atome de carbone, on
va le noter. Alors d'habitude les Carbones
asymétriques je suis d'accord, on leur fait une petite étoile,
donc on peut le faire une petite étoile à ce carbone hein carbone
étoile donc carbone, asymétrie et.
D'un point de vue comment dire nomenclature analphabet grec, on
va l'appeler le carbone Alpha, OK ?
On. Rentre maintenant au niveau des
acides aminés avec leur chaîne, alors on rappelle très
rapidement la liste des vins. Les vins acides aminés sans
glycine à l'Anine, Valine, Leucine, Isolocine, Méthionine,
proline, phénylalanine, tryptophane, sérine, tréonine,
thyrosine, cystéine, glutamine, asparagine, acide glutamique,
acide aspartique, histidine, lysine et enfin arginine OK.
Ces 26 Min je suis d'accord, apprendre 20 comme ça de but à
blanc ça risque d'être un peu beaucoup et donc on va s'amuser
à faire des classifications. On va faire de la chimie mais
version cool de chez cool hein, vraiment détente.
On va classer les acides aminés qui sont apolaire, c'est à dire
Hydrophobes et les acides aminés qui sont polaires et donc qui
ont une certaine hydrophilie. Les acides aminés apolaires,
c'est les suivants, Glycine, Alanine, Valine, Leucine,
Isolucine, méthionine, proline, Phénie, à l'alénine,
triptophane. Et tout le reste ce sont des
acides aminés qui sont polaires. Et au sein même de ces acides
aminés polaires on va distinguer les polaires neutres, c'est à
dire que OKI see your Game ils sont polaires, ils ont une
petite hydrophilie sympathique parce que y a du delta plus y a
du delta moins. Je vous invite à écouter
l'épisode de chimie sur la polarité des molécules et de
l'autre côté on a des acides aminés qui s'en polaire mais qui
s'en polaire chargés. Alors on va pas écrire polaire
chargé, on va écrire polaire Ionisable Ben Ionisable ça veut
dire qu'ils sont capables d'être ionisés donc ça veut dire qu'ils
peuvent avoir une charge. Cette charge peut être négative,
acide glutamique, acide aspartique et cette charge enfin
pour la cellule glutamique, l'acide aspartique qui vont
devenir respectivement glutamate et aspartate et qui peut être
une une charge plus pour les 3 autres acides aminés, histidine,
lysine, argiline. Alors avant même de rentrer dans
la structure des acides aminés de chaque, enfin de de la
structure de chacun de ces acides aminés.
Au fait, il faut comprendre que on parle des briques
constitutives des protéines, et autant vous dire que les
protéines ça va être la turbo sauce sur tout votre programme
de Bioche c'est la quasi totalité du programme de bios
quoi à part quand on va parler de l'a DN réplication de l'a DN
de l'a. DN à l'a.
RN. Voilà tout le reste du programme
de Bioche est quand même à et à part aussi le petit cours sur
les glucides et le petit cours sur les lipides, c'est quand
même les protéines qui prennent quand même la part du roi.
Quoi c'est ? C'est vraiment surtout parler
des protéines en enzyme, en en biochimie.
Et évidemment la plupart des enzymes sont des protéines.
Donc on va surtout parler des, des, des, des protéines
enzymatiques plutôt que d'autres choses enzymatique.
Et donc en gros, ce qui va faire que la protéine est ce qu'elle
est, Ben c'est à la fois sa structure, à la fois sa sa, sa
conformation, à la fois son architecture et cetera.
Et ça, on verra ça dans les cours d'après, on verra la
structure primaire des protéines, on verra la structure
secondaire avec les sédices Alpha et les feuilles bêta, on
verra la structure tertiaire, la structure quaternaire, on va
parler des sous unités, des domaines, on va parler de ça,
vous en faites pas, mais là on n'est pas en train de faire les
grands bâtiments, on est en train de parler des briques, on
est vraiment à un épisode, c'est Batman, the Origins quoi.
On fait d'abord les acides aminés.
Puis on passe à la liaison Peptidique, puis la Lise en
peptidique et séquence primaire, puis la séquence secondaire,
puis la séquence tertiaire et enfin la séquence quaternaire.
Donc là on est vraiment Ground Zero.
Et ces notions de différence entre les acides aminés, il faut
les comprendre dès le début. Alors je suis peut être un peu
lourd là-dessus, mais la biochimie, si vous avez un
concours qui se base sur des études de documents.
Réfléchissez, voilà c'est vraiment le truc que je pourrais
vous dire. N apprenez pas bêtement.
Oui Alors voilà je connais mes acides aminés hydrophobes
d'accord si tu sais c'est lesquels les hydrophobes mais
que tu n'es pas capable de pouvoir associer cette
information avec une application pratique ça sert pas
nécessairement à quelque chose. Un truc tout bete.
Je vous dis, voici la séquence d'une protéine, OK.
Cette protéine expose vers l'extérieur, donc vers sa
superficie, vers sa surface. Des résidus d'acides aminés
rappelle hein. Résidus ça veut dire le radical,
ça veut dire la chaîne latérale des résidus d'acides aminés
hydrophobes OK. Alors celui qui ?
N'a pas appris sa nomenclature. Celui qui ne connait pas quel
acide aminé code pourquoi ? Oui il va avoir plein de petites
lettres et il se dit putain merde je sais pas c'est quoi G
je sais pas c'est quoi d je sais pas c'est quoi l oui il est peut
être un peu dans la merde. Quoique même pas d'ailleurs.
Parce que très souvent dans les concours, on vous met la petite
table ou on vous rappelle c'est quoi les acides aminés ?
Et avec un peu de chance vous même on vous met la table avec
les acides aminés et leur structure.
Donc franchement, si vous avez la structure des acides aminés.
Euh, on voudrait quand même acheter tout le boulot mais
c'est quand même mieux de les avoir en tête pour gagner du
temps. Donc si vous savez que c'est des
acides aminés hydrophobes et que vous ne pouvez pas avoir une
information avec ça, Ben ça sert pas à grand chose.
Quand je vous dis que la biochimie elle va associer une
partie de par cœur, c'est vrai avec une partie de réflexion,
Ben Moi je vais voir une protéine qui va exposer des
radicaux hydrophobes je vais me dire une protéine va exposer des
radicaux hydrophobes à chaque fois qu'on est perdu.
On se rappelle c'est quoi la première règle, la règle absolue
qui doit vous guider dans la nuit étoilée, la règle c'est
tout. Corps, temps vers la stabilité.
Donc pourquoi Why on Earth une protéine va venir exposer ?
Ces résidus hydrophobes. Ça, ça fait pas de sens, si ?
Jamais elle nage dans un milieu polaire et qu'elle expose ses
résidus apolaire danse à la ça ça ça la fout mal, il y a trop
de problèmes vis-à-vis de l'entropie, elle est beaucoup
trop instable. Non ça fait pas de sens alors
bon il y a il y a la possibilité que cette protéine elle soit
défectueuse et qu'elle doit être détruite.
Bon pourquoi pas même si bon ça on va dire que c'est je vois pas
souvent ça mais moi si vous montrez une protéine avec
plusieurs radicaux, plusieurs radicaux hydrophobes exposés à
sa surface, bah vous savez à quoi je vais penser moi je.
C'est une protéine transmembrane bah oui elle va exposer les
résidus apolaires justement parce qu'elle vit parmi les
apolaires, elle vit au niveau de la Bicouche Russoleptique et
donc à ce moment-là ça fait sens qu'elle soit apolaire à ce
niveau-là. 2e exemple, je vous donne une protéine sur cette
partie là elle est apolaire sur cette partie là elle est polaire
merde qu'est ce que ça veut dire ?
Eh Ben peut être que ça veut dire que elle a une partie
transmembranaire et une autre partie qui est au niveau
intracellulaire ou extracellulaire.
Dans les 2 cas c'est polaire. Je vous montre une protéine où
elle est divisée en moitié, pas en haut en bas mais plutôt à
gauche à droite, genre si c'est une super hélice d'un côté de
l'Hélice épelaire de l'autre côté de l'Hélice est apolaire.
Et Ben peut être qu'elle est à. Cheval entre un milieu polaire
et milieu impolaire donc en fait toute cette notion là il faut
garder en tête qu'il y a la relation structurativité, il
faut essayer de deviner un peu où est ce que la.
Enfin je vous demande pas de regarder une protéine et du
premier coup d'œil de me dire où est ce qu'elle est.
C'est juste facile de penser à la membrane plasmique ou
éventuellement des membranes biologiques hein.
Peut être que c'est la membrane des vésicules ou des lysoomes ou
des peroxyomes parce que c'est c'est c'est c'est de nature
apolaire mais voilà c'est ce genre de réflexion que je veux
que vous ayez un truc où il faut pas non plus avoir inventé l'eau
chaude mais. Know, un petit peu dujote, un
petit peu de réflexion, un peu de gazot.
J'ai un peu de limonade. Ah oui, un petit.
Oui, oui, oui, oui, bref, vous avez un.
Peu compris l'idée ? Et donc on va commencer à
s'amuser à classer les acides aminés salon leurs radicaux en
fonction de 600 polaires ou apolaire, en fonction de si il y
a un cycle aromatique ou pas, en fonction de si il y a des
charges ou pas. Bref, on fait une petite
précision, on parle de la polarité au niveau de la chaîne,
au niveau de la chaîne latérale, au niveau du radical du résidu,
bref au niveau du R. Parce que bien sûr, si vous
Regardez l'acide aminé, vous dites hé ouais, la minute.
Il a 1COOH c'est quand même assez polaire quoi, il a 1NH 2
c'est une Amine, c'est assez polaire donc comment ça se acide
minapolaire bah en fait c'est le radical qui vient venir changer
le truc, c'est comme si je vous dis à tout le monde, enfin tout
le monde a eu 18 sur 20 à la compote SVT mais après il y a eu
d'autres notes, il y en a certains qui se sont chiens en
histoire géo qui ont eu 2, il y en a eu d'autres qui ont eu de
très bonnes surnalistes en jeu qui ont eu 20.
Donc en fait la comment dire ? L'hydrophobicité ou
l'Hydrophilie générale de l'acide aminé va bien évidemment
être impactée par tous les composés qui constituent cette
molécule et notamment. Par la chaîne latérale, donc par
le radical. Mais pour faire simple, ici on
va parler des acides aminés qui sont hydrophobes sous-entendu,
qui ont une chaîne latérale qui les caractérise en tant que
telle, en tant que Glycine, Alanine, Valine.
Bref, ce truc qui change pour les vins, sites aminés.
Et Ben ce radical là ce résidu là bah il sera plutôt
hydrophobe. Qu'est ce qu'on va retrouver ?
En terme d'acide aminé apolaire, on va parler de la glycine, même
si bon, la glycine, ça se discute.
On a surtout à l'anime. Valine, isolecine, leucine,
méthionine, proline, phénylalanine et tryptophane.
Oh là là, il y en a beaucoup. It's gonna be find on.
Commence tranquillement la glycine.
Premièrement, alors la glycine, j'ai dit, c'est un peu chiant
parce que certains te disent qu'ils qu'ils.
Comment dire que la Glycine est est apollaire, d'autres qui
disent qu'elle est pas forcément apolaire, parce qu'en fait la
glycine, c'est le plus petit d'acide aminé, et il possède un
atome d'hydrogène en tant que radical, voilà, c'est tout
terminé, c'est plié, genre c'est vraiment le truc le le plus
petit qui existe quoi. À quoi je suis qu'y a des supers
élongations y a beaucoup d'atomes de carbone, y a
beaucoup de radicaux. Qu'est-ce qu'y a ?
Oh là là, la surprise. Non pour la pour la glycine, y a
juste un atome d'hydrogène. Bon, Autant dire.
Que c'est pas, c'est pas le bout du monde.
Donc s'il y a que un atome d'hydrogène ça veut dire
plusieurs choses. Premièrement bah ça veut dire
que c'est le plus petit acide aminé.
Parce que je vous rassure, à part la Glycine, il y en a aucun
qui a le h et d'ailleurs c'est logique, tous les résidus sont
différents les uns des autres parce que sinon ce serait le
même acide aminé, donc la glycine et l'acide aminé le plus
petit, donc ça veut dire que c'est le plus léger, donc ça
veut dire que c'est celui qui fait le moins de kilodalton.
Bref, on peut avoir pas mal de de de conclusions avec cette
même affirmation, et il y a autre chose qu'il va falloir se
rappeler. Il va falloir se rappeler.
Que l'atome de carbone au niveau de la Glycine, l'atome de
carbone centrale, vous savez celui qui possède est la
fonction acide et la fonction Amine.
Et l'hydrogène là dans personne s'en fout.
Bah là l'atome de carbone il possède et l'hydrogène en
position 3 là où on s'en fout réellement +1 autre hydrogène
ici. Donc ça veut dire que c'est un.
Atome de carbone, là le carbone Alpha qui était travaillant OK
find by me mais. Il.
Est lié. Enfin comment dire, c'est les
les composés avec lesquels il est lié, les groupements pardon
avec lesquels il est lié. Ben ils sont pas tous différents
les uns des autres parce qu'il YACOHYA 1H 2OK, d'accord, mais
YAH et y a un autre h. Donc au fait, il.
Ne respecte pas. Ce qu'il faut pour.
Être un carbone asymétrique et Ben tout à fait la glycine,
c'est l'exception. Sur les 20 acides aminés qu'il
faut connaître, il y en a un et juste un qui n'est pas porteur
d'un carbone asymétrique et qui n'est donc pas en l'occurrence
qui râle. Donc la glycine est une molécule
qui n'est pas qui râle, c'est le seul acide aminé dans ce cas-là
parce que il possède un atome de carbone qui n'est pas
asymétrique et c'est le seul atome, comment dire, c'est le
seul acide aminé qui dans ce cas-là donc étant donné qu'il a
des groupements qui sont similaires entre le 3 et enfin
entre les 2 hydrogènes donc il n'est pas.
Asymétrique parce qu'il est pas tétravalant avec 4 groupements
différents et cette chaîne latérale bon elle est petite, on
va parler d apolaire OK, mais on va pas nécessairement parler
d'hydrophobe alors je suis d'accord, les 2 vont très
souvent ensemble. Quand t'es apolaire, t'es
hydrophobe, quand tu es méchant c'est que tu es une merde, mais
il y a des personnes qui sont méchants sans pour autant être
démerdes. Voilà je pense que c'est plus ou
moins bien résumé et donc à ce niveau-là, effectivement il y a
une apolarité de cette chaîne, de de cette chaîne latérale,
mais en même temps c'est tellement petit que bon voilà
c'est l'anatomie d'hydrogène quoi, c'est pas le bout du
monde. Maintenant, si on décide de
parler plus généralement de la glycine, j'ai envie que vous
puissiez, voilà, il faut toujours réfléchir.
Vous apprenez, d'accord ? Et puis ne tuez jamais votre
libre arbitre et votre réflexion, parce que c'est ça
qui fait de vous qui vous êtes. Quand vous Regardez la glycine,
vous dites, Hey, ça a l'air d'être assez petit.
Oui, Ben gardez. Ça ?
Gardez ça dans un coin de votre tête parce que ça sera très
intéressant quand on va parler dans le cours sur les structures
secondaires des protéines. On va parler des hélices alphas,
des feuillets bêta et on va parler des boucles et des
coudes. Et ce sera intéressant d'avoir
une notion quand on va parler des hélices Alpha ou qu'on va
parler des boucles et des coudes.
De quel est le rôle que peut jouer la glycine ?
Qui est quand même assez petit. Qui est petit, peut-être que ça
peut stop plus facilement, peut-être que ça peut être dans
certaines places plus que dans d'autres.
Et quel sera par exemple le rôle de la proline, qui est un acide
aminé qui a une structure très spéciale ?
On va voir ça juste après. Donc n'oubliez jamais que en
biochimie ainsi qu'en anatomie ainsi qu'en chimie ainsi qu'en
pharmaco ainsi qu'en histofarm. En bref, dans pas mal de
matières, il y a très souvent une relation structure,
activité, relation, structure, activité, ça fait RSA, donc non
c'est pas le RSA, c'est la RSA et cette relation structure
activité, elle est nécessaire et elle est très importante parce
qu'elle peut vous permettre de prédire le.
Sera le rôle de telle ou telle chose.
Alors c'est valable pour des atomes, pour des, enfin pour des
atomes. Pour l infiniment petit, pour un
peu plus gros, pour des enzymes, des grosses protéines, pour des
cellules, pour des tissus. Parce que très souvent la
structure de quelque chose est directement liée avec l'activité
de quelque chose. C'est avec ça d'ailleurs que
j'avais introduit le cours un de biochimie sur passe à passe.
Bon, on a vu la glycine super, la Glycine ne possède pas de
carbone asymétrique. Super next, on passe à la suite.
Enfin c'est le principe de dire next d'ailleurs.
Alanine, alors l'acide aminé Alanine Ben sont radicales,
c'est pas 1H comme la glycine, OK c'est c'est pas une merde,
c'est CH 3 waouh putain franchement il fallait y penser,
donc comment dire, évidemment lalannine a un radical qui est
plus gros que la glycine, parce que c'est pas juste hydrogène,
c'est c, hydrogène, hydrogène, hydrogène, enfin carbone,
hydrogène, hydrogène, hydrogène donc elle possède un groupement
méthyl CH 3 et ce groupement Méthyl Ben est différent des 3
autres groupements possédés par l'atome de carbone, donc l'atome
de carbone au niveau de l'Allanine et Kyraal et je vais
arrêter de le préciser à partir de maintenant parce que, à part
la Glycine, tous les autres. Acides aminés aminés, Alanine,
Valine, Isoline, Leucine, méthionine, proline et patati
patata. Ils sont tous asymétriques, on
va gagner un peu en taille en été au niveau de alanine, on va
grossir un peu plus valine Eh Ben la valine c'est assez
marrant de garder en tête que valine bon ça commence par vous
voyez un peu à quoi ça ressemble V voilà, normalement vous avez
tous validé le niveau CP dans cette dans dans cet auditoire,
donc vous voyez à peu près c'est quoi la lettre de l'Alphabet V
et c'est exactement ce que vous trouvez dans la structure même
de la Lanine. Vous allez avoir quoi comme
radical pour la Lanine, c'est pas juste CH 3 c'est CH.
Carbone h 3 d'un côté, carbone H 3 de l'autre, donc en gros.
Je vais avoir un atome de carbone qui va porter 2
groupements méthyl +1 groupement hydrogène et donc il va avoir
cette petite fourche, cette petite ramification, cette ce
petit V au fait qui va se former.
Bon c'est 1V à l'envers hein, selon comment vous dessinez
l'atome et comment vous dessinez l'acide aminé et donc la
structure du radical ou du résidu ou de la chaîne latérale.
Bon bref, c'est la même chose pour la valine, c'est CH 3CHCH 3
donc il y a 3 atomes de carbone, donc la valine elle est encore
plus grosse que la lanine et elle est encore plus hydrophobe.
I think we can do better than that alanin y a un atome de
carbone dans le radical. La valine y a 3 atomes de
carbone dans le dans le radical qu'est ce qu'y a après 3 ?
Oh G, that's very complicated après 3YA 4.
Et donc on va parler des acides aminés, le cygne est isolocine.
Alors là vous allez me dire pourquoi on parle de 2 d'un
coup ? Bah encore une fois tout est
dans le nom Michel, le signe ISO le signe Ah give me a break, il
y a écrit ISO ISO comme ISO mère, ISO Bar, Isotone isotope
Ah enfin vous voyez un peu ce que ça veut dire, ça veut dire
que c'est à peu près la même chose.
Le ISO signifie qu'il y a une similarité, donc le ciné ISO le
signe ça veut dire que les 2 se ressemblent, j'irai même plus
loin, ISO le signe. Est un isomère de la lecine.
Enfin vraiment, vous Regardez des noms et des fois ça prend
juste des proportions en disant Oh là là le nom est compliqué
non ? Tu fais un petit coup
d'étymologie et ça passe tout de suite beaucoup mieux après.
Donc, en fait, la leucine et l'Isoleucine ont la même formule
brute, mais en des formules développées semi développées
différentes comme le glucose et le fructose, C 6H 12O 6 pour le
glucose c 6H 12O 6 pour le fructose.
Oh là là, ça veut dire que. C'est la même molécule, non ?
Ça veut juste dire qu'elle partage la même formule
développée, mais ce n'est pas la même molécule.
Donc il y a des isomères de fonction, des isomères de
Constitution, des Isomères géométriques.
Après on peut rentrer dans les isomères optiques.
On va parler de la stéréosomérie.
Il y a plusieurs façons de distinguer 2 molécules, soit
Paul en géométrie, soit par la la façon avec laquelle ils
arrivent à dévier la lumière polarisée.
Bref, on verra ça dans le cours sur l'astéroïdeomérie, au niveau
de passe à passe en chimie. Et bref, tout ça pour.
Dire que le signe ISO le signe bah c'est un peu la même merde,
elles ont la même formule développée mais c'est pas la
même formule semi développée. Et donc vous voyez comment je
vous avais parlé de la Valine qui est directement rattachée au
carbone asymétrique avec un carbone hydrogène lui même qui
fait 1CH 3 d'un côté, 1CH 3 de l'autre.
Eh Ben au fait, la l'isolecine d'accord, la l'isoleucine
n'importe quoi isolecine c'est comme la Valine, sauf qu'au fait
il y a un carbone hydrogène. Enfin il y a 1CH 3 en plus d'un
côté, donc en fait la structure de isolocine C'est G le CHOK
d'un côté CH 3 et de l'autre côté au lieu d'avoir CH 3.
Comme dans la valine, j'ai CH 2CH 3 donc j'ai pas un
groupement méthyl, j'ai un groupement éthill.
Bon bref c'est 2H 5. La Leucine, contrairement à
l'isoleucine, même si ce enfin ce sont des isomères.
Donc il y a la même formule développée qui dit à la même
formule développée, ça veut dire que, au final, je tombe sur le
même nombre d'atomes de carbone, d'hydrogène, d'oxygène, et
cetera. Donc évidemment, tout le reste
de l'acide aminé ne va pas changer, hein, ni le COH, ni le
NH 2, ni l'autre atome d'hydrogène, mais au lieu
d'avoir comme dans les holocines CH avec CH 3 d'un côté et CH 2CH
3 d'un autre. Je vais avoir CH 2 qui est lié à
CH et avec CH 3CH 3 d'un côté ou de l'autre.
Donc en fait, si vous partez de la structure de la valine isole
sin, vous avez décidé de rajouter 1CH 3 en bout de lune
déterminaison, alors que pour la Leucine, vous avez décidé de
rajouter 1CH au-dessus. Enfin 1CH 2 du coup au-dessus de
là où il devait y avoir la fourche.
Bref, c'est assez compliqué de devoir tout expliquer à l'oral.
J'espère que vous avez le petit truc devant vous.
Enfin, si vous êtes en train de d'avoir une révision où vous
avez le vous avez l'affiche hein, si vous êtes en train de
faire vos courses, vous allez au sport ou si vous êtes dans le
bus. On va dire que vous pouvez plus
ou moins faire marcher votre imagination.
Bref, on a. Donc vu la.
Glycine, la lanine, la valine, l'isoleucine, la leucine.
OK find by me, on va continuer en parlant de la méthionine et
de la proline, alors la méthionine, C'est CH. 2OKCH,
2OK. S.
CH 3, donc il y a 3 atomes de carbone et un atome de soufre,
alors on va tout de suite mettre les choses plus ou moins dans
dans dans j'aurais pu à parler, on va préciser cette chose là,
pardon, sur les vins, acides aminés qu'il faut connaître, il
y en a que 2 qui possèdent du soufre.
Voilà, je vais pas parler de la cellulocysstine parce que Flame
mais on a méthionine, c'est celle qu'on est en train de voir
et on a la cystéine. La Méthionine.
Reste une molécule apollaire. La Cystéine est quant à elle une
molécule polaire. Et la Cystéine a cette
particularité de pouvoir faire des pans disulfures.
On parlera de ça en temps, en temps voulu.
Mais là, on parle pas de l'acide aminé qui possède un atome de
soufre qui est la cystéine. On parle d'un acide aminé qui
possède l'atome de soufre qui est là méthionine et la
méthionine. En gros, elle possède un
groupement thiot et terre s, il YACH 3.
Et le soufre de cette méthionine là ne permet pas de former des
pans disulfures, parce que bon, pour une raison d'architecture
d'orbitale atomique. Je ne peux pas faire de
pendisulfure, donc au fait, cette méthionie là on va dire
qu'on s'en branle gentiment le le coquillard parce que, au
fait, elle sert pas à grand chose la méthionine, enfin elle
sert pas à grand chose qu'on soit d'accord, tous les acides
aminés servent à quelque chose pour former les acides, pour
former les protéines, quand je dis elle sert pas à grand chose,
enfin sans dire elle a pas de truc un peu fancy quoi.
Je veux dire c'est comme si je vous dis c'est de l'Allanine bon
d'accord. La structure elle est bof, le
truc est bof. Bien sûr que on a besoin d'elle
pour raconter l'histoire et pour écouter, pour avoir le film en
entier, mais. Bon, en tant que.
Telle elle a rien de très sexy. Le seul truc sexy qui me vient
en tete quand je pense à la méthionine, c'est que c'est le
codant, initiateur de la transcription.
Bon bref, enfin pour pour passer pardon de l'a RN à l'a DN donc
excusez-moi non, je dis n'importe quoi.
Le connorisateur de la traduction, voilà le premier
acide aminé qui est produit, enfin qui est traduit à partir
des codants, c'est la méthionine.
Mais bon, on verra ça au moment venu, quand on aura parlé de la
comment dire de la de la biologie moléculaire.
Bien metionine c'est fait et maintenant on va arriver sur le
Boss de fin, la proline. Alors pourquoi je dis Bosse de
fin, la proline ? Parce que au début du cours, je
vous ai dit le carbine asymétrique, il est lié avec
hydrogène COHNH 2 et avec un radical OK, ce que.
Je vous ai pas. Dit des O c'est que dans un seul
cas bon ça va hein j'ai pas vraiment caché non +1 secret
délirant, mais dans un seul cas, et c'est le cas qu'on est en
train de voir actuellement la proline.
Eh Ben cette. Chaîne radicalaire ce ce.
Enfin cette chaîne latérale se radical se résidu.
Encore une fois, c'est bien la même chose.
Eh bien, il se lit. À un autre ?
Composé de l'acide aminé. Je m'explique.
Quand on avait l'acide aminé, on avait le carbone central.
On a un ajout, d'un côté OK c'est bon, on le Touche pas, COH
d'un côté, OK c'est bon on le Touche pas 1H, d'un côté c'est
bon on le Touche pas et après on était juste en train de se dire
qu'est ce que je viens amorcer, qu'est ce que je viens accrocher
pardon avec le carbone asymétrique voilà, est ce que
c'est ceci, est ce que c'est cela ?
Ben en fait la proline elle est un peu, elle est un peu fort
basse parce que effectivement elle est liée au carbone
asymétrique, c'est un peu la logique du truc hein, donc on a
des molécules, on a des trucs, on a des atomes, mais la fin de
ce radical là ? Et bien en fait.
Vient se lier à l'atome d'azote de la fonction Amine de l'acide
aminé. Donc au fait, ce radical de la
proline, il est pas rattaché au reste de l'acide aminé
uniquement par le carbone asymétrique comme c'est le cas
de tous les autres qui jouent le jeu quand même.
Et ce n'est pas le cas de la proline qui est un acide aminé
cyclique. La chaîne latérale est à la fois
reliée au carbone asymétrique de l'atome e 2 de l'acide aminé,
donc le carbone Alpha à la fois relié.
À l'azote donc en fait, puisque je suis relié des 2 côtés, je
suis pas juste une ligne comme ça qui est en train de de
flotter. Est ce qu'on remettrait pas un
peu du Land farmer ? Allez, c'est reparti en flotte.
Mais la proline vient être attachée non seulement au Carbon
asymétrique, non seulement à l'atome d'azote.
Donc bon, faut pas non plus avoir fait ma sup.
Si vous êtes rattaché d'un côté, Ben c'est une ligne droite si
vous êtes assez, enfin c'est une seule, une seule chaîne.
Si vous êtes rattaché de 2 côtés, Ben vous faites un petit
tour. Et qui dit tour dit un cycle.
Et qui dit un cycle dit molécule cyclique.
Donc la proline est cyclique et là encore je vais vous demander
de sortir l'intégralité de vos chakras pour essayer de vous
dire qu'est ce que ça peut m'apporter.
OK tous ces AMDL sont tous ces acides aminés là dont on parle
depuis tout à l'heure sont de nature plutôt Apolaire,
hydrophobe. Donc voilà, on a plus ou moins
une idée, si c'est exposé en superficie, c'est que ça baigne
quand même dans un milieu plus ou moins polaire.
Si c'est caché à l'intérieur dans un cœur hydrophobe, c'est
que la protéine normalement est plutôt exposée dans un milieu
polaire. Voilà OK, je vois un peu là où
ça va, mais si je décide de parler des structures
secondaires tertiaires quaternaires, si je décide de
parler des différents repliements, qu'est ce qui peut
plier, qu'est ce qui est plutôt rigide ?
Bah vous voyez que la proline, ouais.
Elle a quand même un degré de flexibilité qui est un peu
moindre, alors que la glycine, elle est quand même beaucoup
plus flexible. Voilà, je pose ces petites
brides d'informations, on reviendra là-dessus quand on
parlera des boucles et des coudes dans le cours sur les
structures secondaires. Donc tous les acides aminés
qu'on a vu depuis le début, là de qu'on a vu depuis qu'on
commence à les détailler, je veux dire donc glycine à
l'anine, Valine, isolé, Leucine, méthionine ainsi que proline.
Ce sont des acides aminés apolaires avec une chaîne
alifatique. Ça veut dire quoi ?
Une chaîne alibitique alors une chaîne.
Aliphatique, ça vient en opposition à une chaîne
aromatique, quelque chose d'aliphatique, ça veut dire que
c'est carbone lié à carbone lié à carbone lié à carbone, il n'y
a pas de résonance, il n'y a pas de cycle, il y a juste une
association de plusieurs atomes de carbone comme dans un alcane,
ou et cetera. Alors que quand on parle d'une
chaîne aromatique, Ben déjà c'est pas vraiment une chaîne
hein, c'est c'est plutôt un cycle aromatique, mais comme
c'est rattaché et que c'est une chaîne latérale, on va dire que
c'est une chaîne aromatique et à ce moment-là j'ai une
aromaticité. Alors bon, je précise hein, mais
l'aromaticité ça veut pas dire, ça veut dire que.
Ses goûts manchoco ? Non, ça n'a aucun rapport
l'aromaticité en chimie, c'est quelque chose de différent alors
qu'on va voir au niveau du cours dédié en chimie sur les effets
misomères. Et pour faire simple, une
molécule est aromatique si jamais elle a un certain modèle,
une certaine organisation des orbitales.
En fait, j'ai des voisins qui sont extrêmement bruyants, et
c'est excessivement chiant parce que je refais encore et encore
et encore et encore des séquences, en espérant qu'ils
arrêtent de bouger leur chaise et leurs meubles, mais ça ne
marche pas. Donc voilà, cet épisode a été
sponsorisé par mes voisins, les déménageurs, bref, l'aromaticité
au niveau de la chimie, c'est quelque chose qui est, comment
dire, qui est, qui est, qui est rendu possible parce que,
Premièrement, la molécule est cyclique, Deuxièmement parce
qu'elle a une certaine géométrie et qu'elle a un certain nombre
d'électrons. Bon, pour faire simple, une
molécule est aromatique si elle respecte les 3 règles de uquel.
Mais on va pas, on va pas commencer à mettre un peu trop
de chimie dans cet épisode, donc ce sera parfaitement dédié.
Enfin, ce sera parfaitement détaillé au niveau de l'épisode
de passe à passe en chimie sur la mésomérie.
Et donc parmi nos braves acides aminés, Eh bien il y en a 3 qui
possèdent une chaîne aromatique. Les 3 acides aminés avec un
composé avec une chaîne avec plus exactement un cycle
aromatique, c'est la phénylanine, la tyrosine et la
tryptophane. Par contre, sur ces 3 acides
aminés, féline, alanine, Tyrosine, tryptophane, il y en a
2 qui sont aromatiques et hydrophobes, phénylalanine,
tryptophane. Et il y en a un qui est
aromatique mais qui est hydrophile parce qu'il a un
petit Oh, c'est la tyrosine. Et d'ailleurs on va faire les
choses très simplement, la phénylalanine, on va faire vite
fait, bien fait. C'est quoi le groupement
phénylanine, c'est CH 2 plus plus le cycle, donc le cycle
benzène c 6C 6H 6. Voilà.
On n'a pas vraiment. Cherché 12h00 14 h on rajoute
carbone H 2 plus le site ? Ça c'est la phénylanine, mais si
jamais vous prenez cette même molécule et que vous rajoutez un
petit Oh tout à fait en bas en ortho, Eh Ben ça va devenir la
tyrosine. Donc en fait la différence qu'il
y a, vous voyez entre des fois 2 acides aminés, c'est juste une
petite merde en mode attends, est ce que j'ai rajouté ceci,
est ce que j'ai rajouté cela pour passer de la Valine à
l'isoleucine ? J'ai juste rajouté 1CH 2 voilà
enfin j'ai juste rajouté 1CH, enfin j'ai juste rajouté un
carbone quoi le nombre d'hydrogène après il vient
s'équilibrer entre l'isolé et l'hallucine j'ai juste changé à
partir de quel carbone je faisais la branche, soit le
premier carbone qui fait la branche, soit le 2e carbone qui
fait la branche. Ou du moins la fourche.
Pardon, comment j'arrive à passer de la phénylanine à la
tyrosine ? Ben je rajoute ou j'enlève un
groupement. Oh donc on n'est pas forcément
archi lié, tous les acides aminés se ressemblent à 100%,
mais il y en a certains où vous voyez quand même qu'il y a un
passage qui est assez facile en faisant plus ou en faisant moins
un certain groupement. Et donc la fenilalanine voulu
rajouter, j'ai voulu siffler mais c'est pas passé voulu
rajouter un petit Oh ça devient de la tyrosine et ça devient
donc un acide aminé qui est certes aromatique, mais qui en
plus de ça est polaire, alors que la phénylalanine est entre
guillemets juste aromatique, et elle est donc apolaire. 3e acide
aminé qui est intéressant, la tryptophane.
Alors pardon, c'est pas la tryptophane, le Tryptophane, le
Tryptophane, c'est l'acide aminé le plus fate.
Mais quand je dis le plus fate, c'est le plus fate, c'est la
chaîne latérale la plus volumineuse de tous les autres
acides aminés. Donc vous voyez tout de suite.
Que si jamais vous vous devez vous amuser à classer les acides
aminés en fonction de leur volume, en fonction de leur
masse moléculaire en kilo d'alto, enfin en kilodalto
n'importe quoi en Dalton, enfin on peut le faire en kilodaltone,
mais ce sera ça fera 0,0 quelque chose.
En gros le triptophane il est numéro un, c'est le plus lourd.
Le Tryptophane c'est pas un cycle aromatique, c'est un
bicycle. Donc Hello où je vous laisse
imaginer un peu la taille de la patate, donc vraiment le
triptophane il a une super grosse patate, patate qui est
faite avec 2 cycles donc qui est quand même assez fade.
Bon, il y a un petit atome d'azote qui vient réduire un peu
hydrophobicité du cycle, mais ça reste quand même de nature assez
hydrophobe. Et on est sur le plus gros acide
aminé qui existe à l'opposition de qui de ma copine du début, la
glycine qui au contraire est le plus petit acide aminé qui
existe. Et maintenant quand je vous
parle de ces acides aminés aromatiques, donc les 2 qui sont
apolaires phénylanine avec un cycle et tryptophane avec 2
cycles, et celui qui est polaire, à savoir la Tyrosine
donc c'est comme la féminine à l'anine CH 2 un cycle plus.
Oh bah en fait dans les 3 cas qu'est ce que je vais avoir, je
vais avoir une molécule, enfin je vais avoir un cycle
aromatique, alors je passe un peu les détails en chimie parce
que ce sera expliqué dans le cours là-dessus, mais.
Une molécule aromatique de par sa résonance.
Eh bien, de par ce cette délocalisation d'électrons de
par ces structures moléculaires, Eh bien elle peut absorber
certaines longueurs d'onde. Et donc je vous le donne dans le
1000. Ben des fois, quand on va faire
des méthodes d'étude en biochimie, parce que si vous
êtes dans certaines phases comme à Paris cité par exemple, vous
allez en bouffer matin, 12h00 et soir de méthodes d'études, parce
que c'est surtout ça la biochimie, on va vous dire Ah
bah tiens, on observe la, comment dire la la, la variation
de la concentration au cours du temps et comment j'observe la
variation de la concentration de ma protéine au cours du temps.
Bah avec. Mes mes voisins, c'est vraiment
une catastrophe. Comment j observé la variation
de la concentration au cours du temps ?
Tout simplement avec l'absorbance à certaines
longueurs d'onde. Mais comment ça marche ?
Bah sur les 20. Acides aminés, il y en a 3 qui
sont aromatiques, il y en a 2 qui vont absorber à 260, donc
c'est les 2 qui ont un seul cycle.
Thyrozine est finie à l'anine et il y en a un le le le gros là ou
magaboule de graisse lui il va absorber à 280 et donc je suis
d'accord. Vous allez me dire comment je
sais s'il y a du de la tyrosine ou du tryptophane ou de la
phénylalanine au niveau de ma molécule ?
C'est vrai, à moins d'avoir la structure de la séquence
primaire de toute votre protéine, vous pouvez pas le
savoir. Enfin bon, si votre protéine
elle fait je sais pas moi, 100 203 100 acides aminés, et que
sur les 3 et que sur les 20 acides aminés qui sont enfin
qu'il est possible de pouvoir placer, il y en a 3 qui sont
aromatiques, on va faire les règles de mathématiques, vous
avez quand même une sacre chance d'en avoir.
Allez, ne serait-ce que un quoi d'en avoir un peu.
Et donc si jamais vous voyez une variation de l'absorbance au
cours du temps, Eh Ben ça peut dire que.
Eh perh, j'ai un peu plus de protéines ou perhapps j'ai un
peu moins de protéines. Donc voilà, c'est vraiment
utilisé le maximum de douilles et savoir comment faire pour
passer des caractéristiques physico chimiques de.
Une molécule, un cycle, ce que vous voulez à comment je fais
pour concrètement l'utiliser pour pouvoir faire des méthodes
d'étude de la génomique, des comment dire, une analyse des
des, des, des, des protéines, une analyse de l'enzyme, bref
toutes les méthodes d'étude. Alors il y aura plusieurs
épisodes je pense, parce que ça pourra pas entrer en un seul des
des épisodes sur les méthodes d'étude, donc sur les western
Blot, Northern Blot, les PCR l'Elisa, ça c'est un peu à
cheval entre la entre la biochimie et la Biocell, donc je
vais voir encore dans dans quelle matière je vais la
classer, mais enfin bon. Bref, on va plus ou moins parler
de la même chose et c'est très très très important de savoir
comment analyser une. Comment dire ?
Comment savoir analyser un motard blot ?
Comment analyser 1PCR ? Une PCR.
Comment analyser un Elisa, ce genre de choses bien.
On aura donc parlé dans ce cours là des acides aminés apolaires
aussi bien à chaîne Aliphatique, glycine à l'anine, Valine,
Isolucine, Leucine, méthionine, proline, ainsi que des acides
aminés apolaires à Chine, n'importe quoi achine
aromatique, à savoir la phénylalanine, qui absorbe à
260, et le tryptophane, qui absorbe à 280.
Donc on est arrivé quand même à 50 Min, donc on va, on va
s'arrêter hein, c'est pas 50 Min Inside.
Dans le prochain cours on parlera de la 2e partie des
acides aminés, donc on va parler des acides aminés.
Polaire neutre en fonction de s'ils ont une fonction alcool,
une fonction souffrée en fonction de s'ils ont une
fonction amide et on parlera des autres acides aminés polaires
qui cette fois-ci eux seront chargés ou plutôt ionisable,
donc aussi bien chargés négativement.
Acides aspharctiques, acide vitamique et chargés
positivement. Donc avec lysine, Aspartate et
Histidine, bien on arrive désormais à la fin de cet
épisode. C'est la 8e conclusion que
j'enregistre, que vous êtes en train d'écouter actuellement
grâce à mes chers voisins qui comme d'habitude s'amusent à
déplacer les chaises toutes les 5 Min for the name of Lord.
Bref, j'espère que vous allez bien, j'espère que vous vous
portez bien, quel que soit l'État où vous êtes dans vos
révisions, quelle que soit l'année où vous trouvez, je vous
souhaite un bon courage, ne lâchez rien, continuez la
lumière et non la lumière est au bout du tunnel, ça fait quand
même un peu macabre, donc je retiens cette phrase, mais bon
bref, donnez-vous avant, c'est la meilleure façon de ne
regretter, on se retrouve pour le prochain cours sur la donc du
coup sur la 2e partie des acides aminés et en attendant je vous
donne rendez-vous sur Instagram pour pouvoir voter pour les
épisodes que vous souhaitez écouter.
Donc Instagram le compte c'est pass point à point passe, parce
qu'avec les tirets c'était déjà pris, bon qu'est ce que tu veux
et. En attendant de vous parler très
prochainement et Ben je vous souhaite bon courage.
Bonne chance et je vous fais des bisous.
Salut.